Bom

Pode ser o CD4007, em seguida o diodo 4148, o fet J113 e o capacitor eletrolítico.

Comece testando o diodo, fet e capacitor.

Poxa :( Para fazer esses testes é preciso retirar o componente num é?

O diodo você pode testar na placa mesmo, Com o multímetro, Catodo + Ponta preta, Anodo + ponta vermelha vai dar variação, Catodo + Ponta Vermelha, Anodo + Ponta preta Não pode dar variação.

Basicamente é isso aqui:

Eu concentraria minhas forças no flip-flop. Se um dos conjuntos fet/diodo estivesse estragado, haveria uma comutação parcial, a led acenderia ou apagaria, os sinal limpo ficaria em paralelo com o sinal processado ou o efeito ficaria mudo em uma das posições...

... o pedal não está mais chaveando fica ligado direto.

Isso você quer dizer:
O led fica aceso o tempo todo?
Ou o efeito fica acionado o tempo todo?

A saída do pedal esta com efeito ou clean?

O problema pode nem ser no chaveamento.
Pode ser na entrada da fonte (já peguei alguns casos assim).

Pegue uma bateria, e ligue os polos dela em algum dos op.amps (terminais 4 e 8 ) e veja se funciona.