Primeiramente desculpem-me se meu post não está nos padrões do fórum pois é o meu primeiro.
Estou desenhando meus circuitos com caneta permanente em uma placa de fenolite e usando percloreto para a corrosão. Porém, elas sempre saem com falhas, sem continuidade. O que posso fazer para resolver o problema? Devo considerar usar outro método de corrosão ou outro método para desenhar o circuito?

Primeiro veja se a sua caneta é apropriada para desenhar as trilhas na placa.
Se for, então uma coisa importante é sempre lavar bem a placa virgem com detergente e bombril, deixando o cobre bem brilhante (mas também não desgaste muito a camada de cobre, ela é fina) . É importante não deixar mancha de gordura no cobre, pois a tinta não adere e o percloreto vai corroer onde não devia. Obviamente tente não deixar suas impressões digitais de gordura ou suor no cobre (lave bem as mãos ou use uma luva para desenhar).
Ao desenhar, cheque se o traço ficou bem escuro, sem parte clara (mais fina ou falhada). Se for o caso, passe várias vezes a caneta.

No processo de corrosão, veja se não deixou tempo demais. Mesmo com os traços bem desenhados, o percloreto vai penetrando pelo lado da camada de cobre coberta pela tinta. Cheque a cada 5 minutos e veja como está a corrosão.  Não adianta deixar a placa no percloreto e ir buscar depois de muito tempo.

Se estiver usando canetas de marcar cds ou de retroprojetor, pode parar.
Para minimizar a possibilidade de falhas no traçado de um circuito impresso o certo é usar uma caneta apropriada para este fim, como a do link abaixo, e seguir as recomendações de limpeza na placa propostas pelo Xformer.
http://produto.mercadolivre.com.br/MLB-690639225-caneta-suetoku-cci-7-para-circuito-impresso-_JM