eu experimentaria na configuração original do pedal, trocar o Q5 e seu diodo, medir os dois resistores de 1M, e substituir o C10.
meu palpite é que pode estar "voltando" sinal por ali e realimentando o circuito/ fazendo o buffer oscilar.

com tudo no devido lugar, removeria o C14 para conferir se o efeito funcionaria perfeitamente quando ativado e sem o Q4 para testar o bypass.
por acaso mexer no Level modificava o problema dele em bypass?