Saudações,
Desculpa a demora. Estava "despedaçando" o circuito para tentar facilitar o que quero dizer.
Eliminei certas partes do circuito como o input buffer formado por Q1 e o output buffer formado por Q11, o chaveamento, os divisores de tensão e deixei apenas dois blocos para que você possa visualizar melhor.
De uma forma bem simplificada o circuito pode ser descrito como um wah com potenciômetro automático.
Veja:
Circuito de Wah (logo após o buffer formado por Q1):

LFO:

No bloco com o wah perceba que há um resistor em paralelo com R50. Esse resistor é o "potenciômetro" do wah. Agora observe o Led no coletor de Q6; é ele que irá fazer com que o "potenciômetro se mova".
Para desligar o LFO, basta remover Q3 e Q6.
No caso desse circuito, o problema também pode ser proveniente do bloco responsável pelo wah.
Antes de prosseguir verifique se a tensão oscila no coletor de Q6 (Ela deve oscilar pois é assim que o LED oscila a resistência fornecida pelo LDR em paralelo com R50). Caso sim, os problemas podem ser o optocoupler (LED/LDR), ou algo no estágio do wah.
Para testar o bloco de wah:
Desligue o LFO do circuito removendo Q3 e Q6. O sinal deve passar limpo.
Remova o optocoupler ou led/ldr. No lugar da parte em paralelo com R50, solde um potenciômetro (o que tiver em mãos 100k até 1M). Enquanto toca mova o potenciômetro o efeito de wah deverá aparecer.
Bom espero que isso ajude pelo menos a cercar o defeito. Não sou versado em eletrônica mas costumo encontrar os defeitos debugando dessa maneira.
Posta o que conseguiu após os testes ok!?
Abraço e fico a disposição
