Em que parte da fonte você tá alimentando ele, antes ou depois do regulador? Se for depois, experimenta alimentá-lo logo depois da retificação.

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Faça o seguinte: Supondo que seu transformador seja de 15+15 com tap aterrado, faça uma retificação com dois diodos somente como na imagem abaixo
http://ivairsouza.com/circuitos_retificadores_arquivos/image048.gif
Depois coloque um capacitor de uns 1000uF e provavelmente vc obterá uns 21VDC. Daí será retirada a alimentação pro cooler por meio de um resistor que será calculado de acordo com o consumo da ventoinha ou então coloque após o capacitor um regulador 7812 e daí alimente o cooler.