É normal esse diodo entrar em curto quando a corrente da fonte é um pouco alta (por isso não gosto de fontes com mais de 300/500 mA, para pedais).
Em IC5 deve chegar 5V.
Caso o problema foi fonte invertida, como suspeitado, pode ter dado alguma avaria no IC7 (algumas unidades é IC3), é um regulador de 5V.
Tem um eletrolítico (100uF), este CI esta ao lado dele.
Na foto postada, ele tem formato de um BC.
É um regulador de 5V, mas as pinagens são diferentes do 78L05, se não me engano o terminal do meio é invertido com um das laterais, se comparado aos 78Lxx.
E porque ocorre isso do MN3101 estragar com tanta facilidade assim Amorin ?
Sinceramente não sei exatamente o porque disso.
Apenas tenho especulação.
Em alguns amplificadores da Fender e Marshall que usa o MN no chorus, tem um resistor que interliga a saída de clock com a entrada de clock.
Mas como no datasheet não tem esses resistores, e outros circuitos tambem usa os MN e não queimam com facilidade, o motivo deve ser outra coisa.
Alguns dos Jazz Chorus (mais novos, que usaram o MN) tem esses resistores, e é comum a queima deles, mas aí ate pode ser por causa da alimentação deste CI que é no limite aceitável.
Outros Jazz Chorus (mais antigos) nao tem o resistor, a alimentação esta no limite também. Ate é comum a queima do MN, mas não tão frequente como nos demais chorus da Boss.
Entao minha especulação fica por conta dos terminais de clock.
O MN3101/3102 tem CP1 e CP2 (terminais 2 e 4) e MN3007/3207 tem CP1 e CP2 (terminais 2 e 6).
Teoricamente CP1 deve ser ligado a CP1 e CP2 a CP2, assim como mostra o datasheet, certo?
Observe que a maioria dos chorus da Boss (senão todos) o CP1 vai ligado ao CP2, e CP2 ligado a CP1.
Um detalhe é que os JAzz Chorus mais antigos CP1 vai A CP1 e CP2 a CP2,
O que me faz suspeitar mais ainda que o motivo seja este.
Se olhar o datasheet do MN3101/3102 o clock de ambos CPs não são tão simétricos (de certa forma, para exemplificar melhor).
Observe que o ponto de encontro dos 2 clock (fases) não ocorrem no meio, e sim em torno de 10%.