Debug de chorus, pra mim, deve começar com dividir o sinal limpo do sinal com efeito, daí dá pra isolar bem onde está o problema. Provavelmente é os chips. Eu os tenho pra vender, se você quiser.

Saudações fraternais meu caro GrAmorin...

Meu CE-5 estava passando o som limpo tanto em Bypass quanto com o efeito acionado, percebi que o diodo de proteção PJ29 estava estourado, alguém deve ter ligado uma fonte invertida...

Após sua substituição ele fica com um barulho enorme, como se fosse um curto, ligado ou não.

No IC5 chegam apenas 2v, está certo?

É normal esse diodo entrar em curto quando a corrente da fonte é um pouco alta (por isso não gosto de fontes com mais de 300/500 mA, para pedais).
Em IC5 deve chegar 5V.
Caso o problema foi fonte invertida, como suspeitado, pode ter dado alguma avaria no IC7 (algumas unidades é IC3), é um regulador de 5V.
Tem um eletrolítico (100uF), este CI esta ao lado dele.
Na foto postada, ele tem formato de um BC.
É um regulador de 5V, mas as pinagens são diferentes do 78L05, se não me engano o terminal do meio é invertido com um das laterais, se comparado aos 78Lxx.

E porque ocorre isso do MN3101 estragar com tanta facilidade assim Amorin ?

Sinceramente não sei exatamente o porque disso.
Apenas tenho especulação.
Em alguns amplificadores da Fender e Marshall que usa o MN no chorus, tem um resistor que interliga a saída de clock com a entrada de clock.
Mas como no datasheet não tem esses resistores, e outros circuitos tambem usa os MN e não queimam com facilidade, o motivo deve ser outra coisa.
Alguns dos Jazz Chorus (mais novos, que usaram o MN) tem esses resistores, e é comum a queima deles, mas aí ate pode ser por causa da alimentação deste CI que é no limite aceitável.
Outros Jazz Chorus (mais antigos) nao tem o resistor, a alimentação esta no limite também. Ate é comum a queima do MN, mas não tão frequente como nos demais chorus da Boss.

Entao minha especulação fica por conta dos terminais de clock.
O MN3101/3102 tem CP1 e CP2 (terminais 2 e 4) e MN3007/3207 tem CP1 e CP2 (terminais 2 e 6).
Teoricamente CP1 deve ser ligado a CP1  e CP2 a CP2, assim como mostra o datasheet, certo?

Observe que a maioria dos chorus da Boss (senão todos) o CP1 vai ligado ao CP2, e CP2 ligado a CP1.
Um detalhe é que os JAzz Chorus mais antigos CP1 vai A CP1 e CP2 a CP2,
O que me faz suspeitar mais ainda que o motivo seja este.

Se olhar o datasheet do MN3101/3102 o clock de ambos CPs não são tão simétricos (de certa forma, para exemplificar melhor).
Observe que o ponto de encontro dos 2 clock (fases) não ocorrem no meio, e sim em torno de 10%.

Recebi 2 MN3101 do nosso colega Rafambass hoje, substituí os 2 e o pedal ainda continua normal, quer dizer no dry quando acionado, o mesmo acontece se eu tirar o mn3101 do soquete, não tenho certeza se todos os ci's estão funcionando pois não tenho outro circuito para comprovar, já o mn3007 tenho certeza que funciona, qual o próximo passo Amorin?

Mephisto,

não ligue o pedal sem um dos MN´s. Só ligue com os dois conectados. Sem o MN3101 o 3007 pode queimar.

Veja se o resistor de 33R esta bom.
Veja se chega  pulso de chaveamento no FET ( a tensão no catodo de D4 muda quando aciona/desaciona o efeito ).

Pós isso, se nada for encontrado, terá que injetar um sinal e seguir.

Se tiver como, veja se sai clock do MN ( para isso precisa de pelo menos o frequencimetro).
Ou então teste os transistores Q4 e Q5.

Coloque o controle DEPTH em max. e veja se a tensão varia na Base de Q4.