Achei que só os pedais digitais da Boss é que eram montados com SMD. Nunca vi um analógico assim.
Fui lá abrir o meu (também não é velho), e descobri que é 4558 nas duas posições, igual ao seu.
Quanto à pergunta "porque substituiram...", imagino que a resposta seja a de sempre: custo ou disponibilidade. Mas acho que não é coisa recente; pode ser que os esquemas da web sejam da era japonesa.

Finck, talvez você esteja certo, mas, como há um bom tempo não compro nenhum pedal novo eu simplesmente não sei.
Mas, o fato é que os atuais Boss GE-7 (segundo o site da Monte Allums) estão sendo fabricados com componentes SMD.

Veja se uma das seções do "ex HA" não está simplesmente aterrada (é uma prática comum quando um dos setores de um CI duplo não é utilizado).

Verifiquei e não tem nada aterrado (com exceção do pino 4 é óbvio) sendo que todos os 8 pinos do CI1 (4558 in line) seguem por trilhas diferentes, do mesmo jeito que acontece com o CI2 que como você sabe também é um 4558 in line.

Se você está afirmando sobre o SMD, eu acredito... Mas deve ser realmente bem recente, o último Boss que comprei foi no ano passado (mas não tenho certeza sobre o ano efetivo de fabricação).

Sobre o circuito do seu GE7, acho que não tem outra saída senão traçar. Ou tentar arrancar alguma informação mais específica do Monte Allums (dífícil...), ou tentar fazer uma consulta no fórum Free Stompboxes (tem una caras que manjam muito de Boss lá...).

Finalmente modifiquei o meu Boss GE7.
Nos Gyrators, tirei os TL022 e coloquei três RC4558P (dois deles fabricados no Brasil).
No lugar dos 4558 "in line" coloquei dois Burr Brown OPA2134 através de soquetes que instalei em duas mini-placas perfuradas.

Nos capacitores eu não mexi porque li no site Freestompboxes que a troca só propicia uma melhora quase imperceptível  e mesmo assim se algum capacitor stock estiver com fuga.

Liguei e constatei que o "hiss" praticamente sumiu, e o som, pelo menos aparentemente, está mais transparente, mais cristalino.
Mas, isso eu só vou saber ao certo quando tocar guitarra bem alto no fim de semana.

Abaixo uma foto ilustrativa:
Não reparem no fio parcialmente desencapado.  Só percebi quando fui pôr na caixa e ai já era!!