Rapaz, a dica em relação à fonte já foi dada, mais de uma inclusive, releia lá! Boa sorte!
:tup

Seria a capacidade da fonte em atender tudo, já que só a zoom tem 500mah por 9v (4,5w) e os pedais consomem uns 200mah? Uso um LDO 2951(versão SMD) com baterias de lithium,

Alguma dica?

Essas especificações para fonte e pedal não tem sentido. A unidade mAh só faz sentido para baterias e pilhas. pois é uma unidade de carga elétrica.
1 mAh  = 3,6 C (coulombs).

Então Xfomer, a minha fonte utiliza baterias de lithium ion para alimentar os pedais. Eu dou uma carga nas 6 células e elas passam pelo LDO para regular para 9v e jogar para os pedais.
Já no eliminador original que veio com a zoom, mostra 9v e 4,5w

O que não entendi é porque a fonte fica super silenciosa em um lado ou outro, mas os dois juntos geram essa frequência bem alta... Isso sem ligar as distorções... quando liga, fica parecendo que tem um avião ligado à alguns poucos km da minha casa. Chega a ser relativamente alto.

Isso pode ser o conjunto como um todo que a fonte (ldo) não aguenta? Só queria saber mesmo o porque disso.

Alex, o outro problema gerava um ruído diferente... o outro eram uns roncos leves... ele lembra uma furadeira ou turbina... algo assim. Não acredito que seja exatamente o mesmo problema. Solução simples eu sei que é isolar as fontes, no próprio teste eu vi isso, mas o que quero é entender o problema para retirar a segunda fonte. Primeiro porque precisarei de uma régua elétrica para colocar a zoom, segundo, precisarei manter a anterior... ou seja... toma um espaço físico de 4 pedais.

Pena que no momento não tenho como gravar o ruído.

Eu não entendi direito como são suas ligações com fontes, baterias e pedais. Se puder fazer um desenho com todos eles, ajuda a visualizar as conexões.

Segundo, onde ficam as baterias de lítio ?  Você sabe que essas baterias não podem ser carregadas de qualquer jeito e precisam de um circuito de monitoramento de carga e auto-desligamento do processo de carga, senão explodem ?  Nos notebooks, celulares esse circuito existe e se não fosse por eles, não daria pra deixar o celular recarregando esquecido na tomada (o meu faz o maior escândalo quando a carga está completa) ou usar o notebook ligado com a fonte.  No caso dos pedais, veja se existe esse sistema e se ele é compatível com as fontes que você está usando e não são as originais pra recarregar essas baterias.
Pode ser então (é uma hipótese) que o sistema de monitoramento da bateria não esteja funcionando corretamente e ele gere esse ruído, devido a alguma incompatibilidade com a fonte usada, ou esteja com defeito mesmo.

Opa Xformer, obrigado pela explicação, primeiro de tudo.

Já viu o Sanyo Enerloop? Eu meio que copiei ele (vou tentar tirar fotos) e coloquei dois carregadores de lithium ion dentro de uma fonte de computador. Eles desligam automático quando cada conjunto de células (3 células em série) chega ao final de carga. Ele não balanceia, mas carrega. Tem pouco mais de um ano que uso assim. Dois pacotes desse de bateria (2 "packs" de 3 células) são ligados em paralelo a um LDO. Esse LDO tá regulado para fornecer 9v para os pedais. Essa é a ligação que você queria saber (interna do sistema) ou seria como está ligado no setup dos pedais?

Ela alimenta o wah wah, um compressor da joyo, um crunch tone da line6 um dr distorto da line6 um buffer e um equalizer. A fonte da zoom g3 é ligada na tomada e não gera muito ruído, assim como se colocar elas com pilhas. Antes eu tinha 12 pedais ligado nesse meu módulo de baterias sem problema... mas preferi fazer dois sets com a zoom que funciona como pedais, tem looper e bateria... além de metrònomo..